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你真的了解 TA 克隆嗎?
發(fā)布時間: 2021-08-25 點擊次數(shù): 2233次首先,TA 克隆是用于 PCR 產(chǎn)物的克隆和測序。原理是利用 Taq 酶能夠在 PCR 產(chǎn)物的 3’末端 加上一個非模板依賴的 A,而 T 載體是一種帶有 3’T 突出端的載體,在連接酶作用下,可以快速地、一步到位地把 PCR 產(chǎn)物直接插入到質(zhì)粒載體的多克隆位點中。
那么在你做 TA 克隆時,需要準備的前期工作是什么呢?
1 、設(shè)計引物 P 出你的目的基因
不管你是手動設(shè)計還是軟件設(shè)計或是直接引用別人已經(jīng)發(fā)表文章用到的引物,只要能 P 出 來目的片段就行,在 PCR 的結(jié)果中需要注重 P 出來的濃度,要達到濃度高的要求一方面是在前期的樣本準備本身就得到高濃度。
比如要 P 出一種病毒的某部分基因,那么在病毒的 RNA 提取時,就必須保證該病毒的病變效果明顯,才有可能得到高濃度的 RNA,繼而或者逆轉(zhuǎn)錄得到高濃度的 cDNA。
另一方面是在 PCR 的條件時對于退火溫度等的條件把握,如果有一些引物二聚體存在,那么可以嘗試提高退火溫度,延長一點延伸時間,但具體如何使得 PCR 跑出來又亮又單一,還是需要摸摸條件。
2 、切膠回收產(chǎn)物
在紫外儀下切下目的產(chǎn)物,注意一定要快準狠,盡快切下,并盡可能少的切下多余的膠,回收利用的試劑盒一般嚴格按照試劑盒操作應(yīng)該沒有什么問題?;厥罩鬁y濃度,準備下一步。
3 、連接
這一步驟就直接按照選擇的 T 載體說明書來操作了,需要注意的是,在上一步測完回收濃度后,如果濃度較低,建議在試劑加量上盡量加大 DNA 的用量。
一般來說回收之后就趕緊地進行連接,但是由于有時候可能中間時間耽誤了,沒能及時連接, 那么在這之前可以補加兩個步驟,一是加 A 尾,二是純化回收的產(chǎn)物。
但是在長期的嘗試中,我發(fā)現(xiàn)純化與否和手動加 A 尾并不怎么影響連接效果。
4 、轉(zhuǎn)化鋪板
這個步驟用來篩選重組子,長出來的菌多不是好事,菌少也不是壞事,也許就只長兩個單克隆菌,但這兩個都是陽性重組子,反正只要挑到正確的就行。
5 、菌液 PCR 鑒定
一般挑菌之后在 EP 管中搖個 3 到 5 個小時就可以進行菌液 PCR 了,一般來說這樣的搖菌時間能最保證接近真實的陽性結(jié)果,菌液 PCR 之前有人建議說要煮沸幾分鐘再 P,但其實直接取搖菌的 1ul 作為模板,進行 PCR 就可以了,條件與之前 P 產(chǎn)物的條件一致。
6 、酶切鑒定
酶切位點的選擇必須要確保目的基因中沒有這個位點,而載體與目的基因連接附近有位點。在進行酶切的時候是要摸酶切時間的,是否已經(jīng)切開跑一個電泳看看。
7 、測序鑒定
如果實在是覺得上面兩個鑒定都拿不準,那也可以嘗試測序,如果測序結(jié)果與目的基因能夠*比對匹配上,那么也說明就是連接上了。
其實 TA 克隆是非常簡單的克隆,先天的條件 A 和 T 都已經(jīng)具備了,除非你手實在不順,連個 2500bp 以下的都是沒什么問題的。
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